Trong cuộc Chiến tranh Philippines-Mỹ, người Mỹ tập trung vào việc sử dụng trạm hải quân của Tây Ban Nha tại Mũi Sangley và hầu như bỏ quên Vịnh Subic và pháo đài bị lực lượng Philippines chiếm giữ.

Mùa hè năm 1899, tàu vũ trang Mỹ bắt đầu tuần tra Vịnh Subic. Trong lúc tuần tra thường lệ, tàu tiếp liệu Zafiro bị khẩu đội pháo mới xây dựng của Philippines khai hỏa khi nó vào Vịnh Subic. Zafiro rút về Cavite và báo cáo sự vụ cho tổng hành dinh. Tuần dương hạm Charleston được đưa đến để đe dọa khẩu đội pháo nhưng khi nó rút lui thì khẩu đội pháo liền nả một quả pháo khiêu khích người Mỹ.

Ngày 23 tháng 9 năm 1899, các tàu chiến Charleston, Concord, Monterey và Zafiro tiến vào Vịnh Subic để tiêu diệt khẩu đội pháo. Sau khi nả pháo vào khẩu đội pháo một lúc, 180 thủy thủ từ chiến hạm Charleston đổ bộ lên Subic trong lúc các chiến hạm khác vẫn tiếp tục nả pháo. Kết quả là khẩu đội pháo bị phá hủy hoàn toàn. Tất cả trở về chiến hạm và cùng đoàn chiến hạm tiến về Manila. Mặc dù khẩu đội pháo bị phá hủy, lực lượng Philippines vẫn còn giữ được xưởng sửa chữa hải quân cũng như Olongapo.

Tháng 12 năm 1899, Hoa Kỳ chiếm được xưởng sửa chữa hải quân. Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ nhận trách nhiệm với xưởng sửa chữa hải quân trong lúc Lục quân Hoa Kỳ kiểm soát Olongapo. Olongapo sau đó được dùng như nơi nương náu của những người Philippines không có cảm tình với quân nổi dậy.

Thủy quân lục chiến hành xử thẩm quyền dân sự trên Olongapo và ra lệnh bầu cử địa phương, bổ nhiệm cảnh sát bản xứ, phân phát thực phẩm phụ trợ những lúc mất mùa, cung cấp chăm sóc sức khoẻ, và xây trường học dạy tiếng Anh.

Năm 1900, Đô đốc Hải quân George Dewey và Đô đốc George C. Remey, tư lệnh Hạm đội Á châu tin rằng Vịnh Subic có tiềm năng lớn nhất cho một căn cứ hải quân. Sau khi tham khảo ý kiến và duyệt qua các đề nghị, Tổng thống Theodore Roosevelt ra một sắc lệnh hành chánh thiết lập Khu dành riêng cho Hải quân Vịnh Subic.

Giá trị của Vịnh Subic như một khu huấn luyện được công nhận khi Thủy quân lục chiến thực tập hành quân trong môi trường hoang dã và khó khăn.

Tháng 6 năm 1907 khi căng thẳng với Nhật Bản gia tăng, Lục quân và Hải quân của Hoa Kỳ tại Philippines được lệnh bí mật tập trung tại Vịnh Subic. Tuy nhiên chương trình bị các lãnh đạo quân sự khác và Toàn quyền Leonard Wood phản đối. Các cuộc tranh luận gay gắt diễn ra và các chương trình xây căn cứ chính tại Philippines bị bỏ qua. Roosevelt rất thất vọng về việc này và thay vào đó hối thúc phát triển Trân Châu Cảng tại Hawaii.